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GROMACS 安装：详细教程来袭

news 2025/8/31 5:35:18

前言

GROMACS 是一款功能强大的开源分子动力学模拟软件，广泛应用于生物化学、材料科学和物理学等领域。它支持多种模拟类型，包括能量最小化、分子动力学模拟和自由能计算等。本文将为大家介绍在使用西柚云GPU服务器的过程中，如何根据显卡的不同型号（30系、40系和50系）安装 GROMACS。

GROMACS安装

CPU版本

sudo apt update
sudo apt install gromacs

GPU版本

Gromacs（GPU版）需要从源代码编译安装，先根据自己的服务器套餐安装对应的显卡驱动：西柚云GPU服务器使用指南

30系显卡安装步骤

1、检查 CMake 版本

cmake需要3.21以上。执行cmake --version命令查看cmake版本，如果你的cmake版本低于3.21，可以按照下列步骤更新

# 下载安装脚本
wget http://mirror.xiyoucloud.pro:63332/static/software/cmake-3.21.0-linux-x86_64.sh# 执行安装脚本
sudo bash cmake-3.21.0-linux-x86_64.sh --skip-licence --prefix=/usr# 安装过程中需要确认信息，依次执行
q
y
n

2、安装CUDA12.8

下载并安装 CUDA Toolkit

wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu2004/x86_64/cuda-keyring_1.1-1_all.deb
sudo dpkg -i cuda-keyring_1.1-1_all.deb
sudo apt-get update
sudo apt-get -y install cuda-toolkit-12-8# 将 CUDA 路径添加到环境变量
echo 'export PATH=/usr/local/cuda-12.8/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

3、安装MPI

如果不安装的话后续编译gromacs会出现下图报错

sudo apt update
sudo apt install openmpi-bin libopenmpi-dev -y# 验证 MPI 是否安装成功
mpicxx --version

4、安装 GROMACS-2023.2

30系显卡需要安装gromacs2023-2版本

# 下载gromacs-2023.2，解压后进入解压目录
wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2023.2.tar.gz
tar -xzf gromacs-2023.2.tar.gz
cd gromacs-2023.2# 创建构建目录并编译安装
mkdir build && cd build
cmake .. \-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \-DGMX_GPU=CUDA \-DGMX_CUDA_TARGET_SM=86 \-DGMX_MPI=ON \-DGMX_OPENMP=ON \-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/用户名/gromacs_install
make -j$(nproc)
make install# 设置环境变量并创建符号链接，记得修改为自己的用户名
echo 'source /home/用户名/gromacs_install/bin/GMXRC' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
ln -s /home/用户名/gromacs_install/bin/gmx_mpi /home/用户名/gromacs_install/bin/gmx

命令测试

gmx mdrun -s md.tpr -nb gpu -v

40系、50系显卡安装步骤

1、检查 CMake 版本

40系、50系显卡可以安装gromacs2025-2版本，其cmake需要3.28版本以上。执行cmake --version命令查看cmake版本，如果你的cmake版本低于3.28，可以按照下列步骤更新

# 下载安装脚本
wget http://mirror.xiyoucloud.pro:63332/static/software/cmake-3.28.0-linux-x86_64.sh# 执行安装脚本
sudo bash cmake-3.28.0-linux-x86_64.sh --skip-licence --prefix=/usr# 安装过程中需要确认信息，依次执行
q
y
n

2、安装gcc 11和g++11

gromacs2025-2版本的编译需要gcc/g++11，执行gcc --version和g++ --version命令查看版本，如果不是gcc/g++11，可以按照下列步骤更新

sudo apt update
sudo apt install software-properties-common
sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-toolchain-r/test
sudo apt update
sudo apt install gcc-11 g++-11 -y# 设置gcc11和g++11为默认版本
sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-11 60 --slave /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-11

3、安装CUDA 12.8

下载并安装 CUDA Toolkit

wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu2004/x86_64/cuda-keyring_1.1-1_all.deb
sudo dpkg -i cuda-keyring_1.1-1_all.deb
sudo apt-get update
sudo apt-get -y install cuda-toolkit-12-8# 将 CUDA 路径添加到环境变量
echo 'export PATH=/usr/local/cuda-12.8/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

4、安装MPI

如果不安装的话后续编译gromacs会出现下图报错

sudo apt update
sudo apt install openmpi-bin libopenmpi-dev -y# 验证 MPI 是否安装成功
mpicxx --version

5、安装 GROMACS-2025.2

# 下载gromacs-2025.2，解压后进入解压目录
wget https://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2025.2.tar.gz
tar -xzf gromacs-2025.2.tar.gz
cd gromacs-2025.2
# 创建构建目录并编译安装
mkdir build && cd buildcmake .. \-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \-DGMX_GPU=CUDA \-DGMX_CUDA_TARGET_SM=89 \-DGMX_MPI=ON \-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/gromacs_install \-DCMAKE_C_COMPILER=/usr/bin/gcc \-DCMAKE_CXX_COMPILER=/usr/bin/g++  
make -j$(nproc)
make install# 设置环境变量并创建符号链接，记得修改为自己的用户名
echo 'source /home/用户名/gromacs_install/bin/GMXRC' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
ln -s /home/用户名/gromacs_install/bin/gmx_mpi /home/用户名/gromacs_install/bin/gmx