DockThor: 免费的在线小分子“虚拟筛选”平台

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DockThor-VS是巴西国家科学计算实验室开发的 开源蛋白质-配体虚拟筛选平台，面向全球科研人员提供免费服务。其核心引擎采用柔性配体-刚性受体对接算法，结合多解遗传算法与MMFF94S分子力场，可精准预测结合构象，并通过DockTScore评分函数评估亲和力。

平台支持蛋白质质子化状态调整、辅酶建模等预处理功能，内置COVID-19靶点库、FDA批准药物数据集及天然产物库，适配药物设计与老药新用研究。依托SDumont超级计算机，可高效处理大规模筛选任务，单次提交支持最多2000个化合物。其自动化流程与高性能计算优势，显著提升虚拟筛选效率，已应用于抗新冠药物研发等场景。

网站地址：https://dockthor.lncc.br/v2/

使用教程

1.上传蛋白文件

将蛋白中的非保守水分子，辅助结晶试剂分子等删除干净后再上传。

 

2. 上传辅因子文件（非必须）

如果你的蛋白活性位点中有必须保留的辅酶分子或者保守水分子，亦或是功能性金属离子。可以在上一步中单独存储为pdb文件，然后在这一步上传。如果没有上述情况可以跳过此步。

 

3. 上传配体文件

推荐上传sdf文件类型。该文件类型支持存储多个配体分子坐标信息。如果你不了解该文件类型，应该稍微花5-10分钟学习一下。磨刀不误砍柴工！！！

 

4. 虚拟筛选参数设置

• 如果你清楚地知道蛋白活性位点信息，可以选择User Defined模式，在此模式下输入配体结合位点的信息。

  蛋白活性位点信息获取方式可以参考往期推送：

  

• 如果你不清楚小分子该结合在那里，可以选择Blind Docking盲对接模式。

 

5. 结果页面

如果你所提交的小分子数量很多，则不可能很快得到结果！！！在提交任务前，强烈推荐在上一步中留下邮箱，待任务结束后你会收到邮件通知。

友情提醒：得到结果的速度不仅取决于你的任务量，还受制于同时段其他用户的提交运算量，使用前要做好心理准备！！！