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conda或mamba install 相关软件报错

前言:要明白的是,命令没问题,以前用mamba下载也下载成功过,所以这里讲的就是网速不好时能做的事。

Download error (28) Timeout was reached [https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch/repodata.json.zst]
Operation too slow. Less than 30 bytes/sec transferred the last 60 seconds# >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> ERROR REPORT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<Traceback (most recent call last):File "/storage2/user/mambaforge/lib/python3.10/site-packages/conda/exception_handler.py", line 17, in __call__return func(*args, **kwargs)

这个错误挺常见吧,不用怀疑这怀疑那,就是下载的网速不行,那句“Operation too slow. Less than 30 bytes/sec transferred the last 60 seconds” 就是这个意思。

解决办法说有也不算有,算是提供几个可操作的或许有效果的建议吧。

1 如果你的源没有加上国内镜像,那赶紧去加,国内访问境外源就是慢,怎么加网上教程也有很多,类似于这样的。我这里只加了清华的,其他的加上也是可以的。

           channel URLs : https://conda.anaconda.org/bioconda/linux-64https://conda.anaconda.org/bioconda/noarchhttp://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/linux-64http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/noarchhttp://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/linux-64http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/noarchhttp://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/linux-64http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/noarchhttps://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarchhttps://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarchhttps://repo.anaconda.com/pkgs/r/linux-64https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch

2 加上了还是下载不下来,我也遇到过。20kB/s这种就是很难下载下来啊。

换个时间点试试,我在早上9点左右运行同样的命令,这速度简直要起飞了。
在这里插入图片描述
或者用个梯子,连到外网再运行,但这个办法时灵时不灵。(别问我怎么操作啊。。。)

或者,如果你会docker 或 singularity,用他们封装好容器进行操作有时候也挺省事的。比如,已经十分成熟的RNA-seq操作流程,用一个rna.sif就可以拥有所有所需的RNA-seq相关软件。当然这是另话了。

暂时这样,目前也没有什么好的解决办法。我想用mamba安装软件,因为它会顺道把需要的依赖包都下载好了,所以比自己一个个下载再解压然后可能这个没有那个没有导致运行报错要方便多了。

最后,其实很多时候,大家都卡在安装软件这一步上。
运行软件是一个坎,安装软件是遇到的第一个坎。希望大家都能一次安装成功所需的软件,能把更多的精力放在如何运行/解读软件代码上面。

最后的最后,大家遇到这种情况是怎么解决的呢?说出来让大家参谋参谋啊。

http://www.xdnf.cn/news/1261351.html

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