Dock最新方法

一、在pdb bank下载下分子和受体

PDB Bank怎么下载小分子sdf（选择哪个）和复合物-CSDN博客

二、准备受体

（1）去除蛋白质中的小分子

最后用于分子对接的受体的pdbqt文件是要去除小分子的，可以使用pymol去除小分子，从而得到没有小分子的配体文件

用pymol删除以后然后保存为pdb

（2）去除蛋白质中的小分子+加氢

1、去掉水分子

2、加氢

然后点击“ok”就可以了

三、找到盒子位置

直接使用网站：SwissDock

提交pdb id以后会自动给出盒子信息

注意：有时候盒子信息不准确，你需要点击一下小分子，盒子就会自动移动过去了

四、单次或批量dock

AutoDockVina安装 + 分子对接（docking）教程 + smiles2pdb2pdbqt_autodock vina-CSDN博客