PDBfixer:蛋白质结构修复工具

1. PDB文件常见问题

蛋白质数据银行(PDB)文件在用于分子动力学模拟前通常存在以下问题：

• 缺失原子：X射线晶体学结构中通常缺少氢原子，柔性区域可能缺少重原子

• 缺失残基：链末端或环区可能缺少完整残基

• 非标准残基：包含实验添加的非天然残基

• 杂质分子：可能包含盐、配体或其他实验添加分子

• 多重构象：某些原子可能在多个位置上列出

2. PDBFixer简介

PDBFixer是一款能自动修复上述问题的工具，提供三种使用方式：

• 图形用户界面(GUI)应用程序

• 命令行应用程序

• Python API

2.1 安装方法

mamba install -c conda-forge pdbfixer openmm

2.2 命令行使用

基本命令格式：

pdbfixer filename [optio