VMD查看蛋白质-配体的分子动力学模拟轨迹

VMD查看蛋白质-配体的分子动力学模拟轨迹

1.加载gro文件

（file-new molecule-browse-load）

2.加载xtc轨迹文件

（browse-load）这里加载的轨迹应该是经过周期性、平动转动校正的。

3.修改轨迹文件帧数

（file-save cordinates...）如果这个选不中，就点一下VMD Main里面的项目条。

这里的轨迹是100ns，10000帧，如图0代表第一帧，10001是最后一帧，10代表每10帧保存一帧，保存文件类型为trr，命名时候trr要自己打上。这样轨迹文件会变小很多，既能描述问题，也不至于在查看轨迹时电脑崩掉。

但是有一个很尴尬的问题就是，如果要保存部分轨迹，也需要加载完全部的，一般加载时候中后期电脑就崩了。

我自己的换了新电脑之后，安装1.9.4版本可以查看完整版的100ns的10000帧的轨迹，没什么问题。之前用1.9.3加载2G的轨迹都加载不完。

怎么知道自己轨迹的帧数呢？

看动力学模拟的md.mdp文件，这些参数都是自己设置的，nsteps是总步数，nstxcout是多少步输出一帧，前者除上后者就是总的帧数。

4.调整渲染方式

先加载gro文件，再加载刚才保存的trr（xtc）文件。

因为我们要看的是蛋白质和小分子的结合情况，所以要分别调两者的渲染方式。

蛋白质：点击(graphics-representations), selected atoms这里填protein, drawing methods 这里选newcartoon。

配体：点击create rep, 选中状态下，selected atom这里填resname MOL,  drawing methods这里填line。就可以看蛋白质和配体在一段时间内的运动了，VMD还有很多渲染方式。

最下面那张图是播放界面的调整方式，红色的是播放速度，绿色的是播放键。