【monai 教程】transform之CropPad详解
monai transform教程之CropPad详解
本教程代码： https://github.com/codecat0/Deep-Learning-With-Code/blob/master/tutotial/monai/monai_aug_croppad.ipynb
SpatialPad
SpatialPad 是 MONAI（Medical Open Network for AI）中用于医学图像预处理的数据增强工具之一，主要用于将图像或标签填充到指定的空间大小，常用于训练时保证图像输入的一致性，尤其是批处理操作时。
使用场景
-
图像尺寸不一致时，对齐输入尺寸。
-
模型需要固定大小输入时，自动填充图像边界。
-
适用于 2D/3D 医学图像（如 CT/MRI）。
参数解析
| 参数 | 类型 | 含义 |
|---|---|---|
| spatial_size | Union[Sequence[int], int] | 填充后的目标空间大小。如果目标大小小于原始大小，则不改变原图大小。 |
| method | str | 填充方式，可选：‘symmetric’, ‘end’, ‘start’。 |
| mode | str | 填充模式，如 NumPy 的 np.pad()。可选：‘constant’, ‘edge’, ‘reflect’, ‘wrap’ 等。 |
填充方法对比 (method 参数)
| 方法名 | 描述 |
|---|---|
| ‘symmetric’ | 前后填充相同量，中心对齐 |
| ‘end’ | 只在后面填充 |
示例
import monai
from monai import transformstransform = transforms.SpatialPadd(keys=["image", "label"], spatial_size=[768, 768, 38])aug_data = transform(add_data)
print_info(aug_data)
visualize(data, aug_data)
BorderPad
BorderPad 是一种用于医学图像处理的数据预处理/增强操作。它的主要作用是：通过在图像边缘添加一定数量的像素（padding），以满足特定尺寸需求或防止某些操作（如卷积或裁剪）引入边界伪影。
使用场景
-
模型输入对齐 ：某些模型需要特定的输入大小，BorderPad 可以先 pad 再 crop。
-
防止边缘伪影 ：对小图像进行卷积、旋转、缩放等操作时可能导致边缘信息缺失，用 BorderPad 增加边界空间。
-
适用于 2D/3D 医学图像（如 CT/MRI）。
参数解析
| 参数名 | 类型 | 说明 |
|---|---|---|
| spatial_border | Sequence[int] | 每个空间维度（如 H, W, D）两侧的 padding 像素数。如果为单个 int，则两边一样。 |
| mode | str | padding 的模式，常见的有：“constant”, “reflect”, “replicate”, “circular” 等。 |
示例
import monai
from monai import transformstransform = transforms.BorderPadd(keys=["image", "label"], spatial_border=[32, 32, 0])
aug_data = transform(add_data)
print_info(aug_data)
visualize(data, aug_data)
DivisiblePad
DivisiblePadd 是一种常用的图像预处理/增强操作，主要用于将图像在各个维度上填充到指定的倍数大小。这对于深度学习模型（特别是使用 U-Net 等结构）非常重要，因为很多模型要求输入尺寸能够被某个数整除（如 16 或 32）。
使用场景
-
输入尺寸不规则但模型要求特定倍数的尺寸
-
对于 Patch-based 推理（如 sliding window）特别重要
-
避免在网络中因尺寸不匹配造成的 shape mismatch 错误
参数解析
-
k ：要求图像的每个空间维度（如 H、W、D）要填充到的倍数。例如，k=32 表示图像尺寸会被填充到能被 32 整除。
-
mode ：填充方式（传递给
np.pad或torch.nn.functional.pad），常见的有：-
"constant"：使用常数填充（通常是 0） -
"reflect"：镜像填充 -
"replicate"：边缘复制
-
-
method ：如何计算填充值的位置：
-
"symmetric"：左右/上下对称填充 -
"end"：仅在图像的结尾方向填充
-
-
value ：常数填充值，仅在 mode 为 “constant” 时有效。
示例
import monai
from monai import transformstransform = transforms.DivisiblePadd(keys=["image", "label"], k=32)
aug_data = transform(add_data)
print_info(aug_data)
visualize(data, aug_data, ori_idx=19, aug_idx=32)
SpatialCrop
SpatialCropd 用于从输入图像中按指定的空间维度和起始位置裁剪一个区域。
使用场景
- 提取感兴趣区域（ROI）以减小计算负担
参数解析
-
roi_start：裁剪区域的起始坐标。 -
roi_end：裁剪区域的结束坐标（可选）。 -
roi_center：裁剪区域的中心点（可选）。 -
roi_size：裁剪区域的大小（可选）。
⚠️ roi_start + roi_size 与 roi_e 是互斥使用的，不能同时指定。
示例
import monai
from monai import transformstransform = transforms.SpatialCropd(keys=["image", "label"],roi_center=[256, 256, 19],roi_size=[384, 384, 38]
)transform = transforms.SpatialCropd(keys=["image", "label"],roi_start=[32, 32, 0],roi_end=[484, 484, 38]
)
aug_data = transform(add_data)
print_info(aug_data)
visualize(data, aug_data)
CenterSpatialCrop
CenterSpatialCropd 会以图像的中心为参考点，在空间维度上（通常是 2D 或 3D）裁剪出一个指定大小的区域。这对于医学图像中感兴趣区域往往位于中心的情况尤其有用。
使用场景
- 用于统一图像大小（尤其在数据集中图像大小不一致时）
- 用于提取中心区域的局部信息（医学图像中通常包含器官或病灶）
参数解析
-
roi_size: list[int] or tuple-
指定裁剪区域的空间大小。例如
[128, 128, 64]表示裁剪出一个大小为 128×128×64 的三维子区域。 -
注意：这个尺寸必须小于或等于原始图像的大小，否则不会进行裁剪。
-
示例
import monai
from monai import transformstransform = transforms.CenterSpatialCropd(keys=["image", "label"],roi_size=[384, 384, 38]
)
aug_data = transform(add_data)
print_info(aug_data)
visualize(data, aug_data)
CenterScaleCrop
CenterScaleCropd 结合了图像中心缩放（CenterScale）和裁剪（Crop）操作，常用于保持关键区域（如器官或病灶）居中，同时调整图像尺寸。该变换用于将图像按照给定的 roi_scale 围绕图像中心进行。
使用场景
- CT/MRI 图像预处理，特别是关心中心区域的任务（如脑、肺、肝分割）
参数解析
roi_scale: 缩放系数。例如0.75表示在中心附近保留 8 128, 64)`。
示例
import monai
from monai import transformstransform = transforms.CenterScaleCropd(keys=["image", "label"],roi_scale=[0.6, 0.6, 1],
)
aug_data = transform(add_data)
print_info(aug_data)
visualize(data, aug_data)
RandSpatialCrop
RandSpatialCropd 的作用是从输入图像中随机裁剪出一个指定大小/某一范围内（ROI size，Region of Interest）的子区域（patch）。
使用场景
- 图像裁剪
参数解析
| 参数名 | 类型 | 说明 |
|---|---|---|
| roi_size | Sequence[int] | 如果 random_size=False，则为固定输出大小；如果 random_size=True，它是裁剪的最小尺寸 |
| max_roi_size | Optional[Sequence[int]] | 若 random_size=True，为最大随机裁剪尺寸（上界）；若为 None，则默认使用图像原始尺寸为上界 |
| random_center | bool | 是否随机裁剪中心点 |
| random_size | bool | 是否随机裁剪尺寸。True 表示在 [roi_size, max_roi_size] 范围内随机裁剪；False 表示固定大小裁剪 |
示例
import monai
from monai import transformstransform = transforms.RandSpatialCropd(keys=["image", "label"],roi_size=[224, 224, 38],max_roi_size=[512, 512, 38],random_center=True,random_size=True
)
aug_data = transform(add_data)
print_info(aug_data)
visualize(data, aug_data)
RandScaleCrop
RandSpatialCropd 的作用是从输入图像中随机缩放出一个指定scale/某一范围内（ROI size，Region of Interest）的子区域（patch）。
使用场景
- 用于训练阶段，增强样本多样性
- 减少模型对图像固定尺寸和位置的依赖
- 在有限数据集上提升模型泛化能力
参数解析
| 参数 | 类型 | 说明 |
|---|---|---|
| roi_scale | float or list[float] | 指定裁剪区域相对于输入图像大小的比例（scale）。行为取决于 random_size 的值（见下方详解）。 |
| max_roi_scale | float or list[float] | 与 roi_scale 一起使用，仅在 random_size=True 时有效，用来限定裁剪尺寸的最大比例。 |
| random_center | bool | 是否随机选择裁剪区域的中心点；若为 False，则使用图像中心。 |
| random_size | bool | 是否使用随机大小进行裁剪。如果为 False，裁剪尺寸为 roi_scale * 图像尺寸；如果为 True，会在 [roi_scale, max_roi_scale] 范围内随机采样实际缩放尺寸。 |
示例
import monai
from monai import transformstransform = transforms.RandScaleCropd(keys=["image", "label"],roi_scale=[0.3, 0.3, 1],max_roi_scale=[1, 1, 1],random_center=True,random_size=True
)
aug_data = transform(add_data)
print_info(aug_data)
visualize(data, aug_data)
RandSpatialCropSamples
RandSpatialCropSamplesd 会从输入图像中随机裁剪出多个子区域（patches），通常用于训练数据增强。这些裁剪是沿空间维度进行的，比如在 3D 图像中沿着 (H, W, D)。
使用场景
- 适合与
Dataset或CacheDataset一起使用。 - 多个 patch 输出适用于多个实例训练（如将多个 patch 扔入 batch）。
参数解析
| 参数名 | 类型 | 说明 |
|---|---|---|
| roi_size | Sequence[int] | 如果 random_size=False，则为固定输出大小；如果 random_size=True，它是裁剪的最小尺寸 |
| num_samples | int | 从输入图像中随机生成的裁剪区域数量（patch 数）。输出是一个包含多个裁剪结果的列表。 |
| max_roi_size | Optional[Sequence[int]] | 若 random_size=True，为最大随机裁剪尺寸（上界）；若为 None，则默认使用图像原始尺寸为上界 |
| random_center | bool | 是否随机裁剪中心点 |
| random_size | bool | 是否随机裁剪尺寸。True 表示在 [roi_size, max_roi_size] 范围内随机裁剪；False 表示固定大小裁剪 |
示例
import monai
from monai import transformstransform = transforms.RandSpatialCropSamplesd(keys=["image", "label"],roi_size=[224, 224, 38],max_roi_size=[512, 512, 38],num_samples=4,random_size=True
)
aug_datas = transform(add_data)
len(aug_datas) # 4
print_info(aug_datas[0])
visualize(data, aug_datas[0])
CropForeground
CropForegroundd 用于根据指定的前景区域裁剪图像及其对应的标签等数据。其本质是在空间维度上将图像缩小到仅包含前景的区域
使用场景
- 病灶区域占比较小，用全图训练模型会浪费资源且影响模型专注目标区域
参数解析
| 参数名 | 类型 | 默认值 | 说明 |
|---|---|---|---|
| keys | list[str] | 必填 | 要执行裁剪的字段名列表，如 [“image”, “label”]。 |
| source_key | str | 无 | 用于识别前景区域的字段，一般为标签，如 “label”。 |
| select_fn | callable | lambda x: x > 0 | 前景选择函数，定义哪些像素为前景。 |
| channel_indices | list[int] / None | None | 仅在指定通道中寻找前景区域，默认所有通道。 |
| margin | int or list[int] | 0 | 在裁剪框周围添加的边缘像素数量，可为单个值或每个维度一个列表。 |
| allow_smaller | bool | False | 图像边界不足时是否允许裁剪框小于设定范围。False 可能导致 padding。 |
| k_divisible | int or tuple | 1 | 控制裁剪结果的每个空间维度是否为该值的倍数，用于满足网络结构要求。 |
| mode | str or list[str] | “constant” | 填充模式，裁剪区域超出图像边界时使用。支持 numpy 和 PyTorch 的 pad 模式。 |
| start_coord_key | str or None | None | 如果设置，则记录裁剪区域的起始坐标，保存在数据中。 |
| end_coord_key | str or None | None | 如果设置，则记录裁剪区域的结束坐标，保存在数据中。 |
示例
import monai
from monai import transformstransform = transforms.CropForegroundd(keys=["image", "label"],source_key="label"
)
aug_data = transform(add_data)
print_info(aug_data)
visualize(data, aug_data, ori_idx=20, aug_idx=6)
RandCropByPosNegLabel
RandCropByPosNegLabeld是一个常用的随机裁剪数据增强变换，特别适用于医学图像分割任务中，对图像和对应标签（mask）进行裁剪。这个变换基于“正负样本”策略，保证裁剪出的子图像包含感兴趣区域（正样本）和背景（负样本），从而提高模型对目标和背景的区分能力。
使用场景
- 医学图像分割训练中，数据增强，增强模型对小目标和背景的识别能力。
参数解析
| 参数名 | 含义与说明 |
|---|---|
| keys | 需要进行裁剪的数据字段名列表。通常是[“image”, “label”]，指明对哪些数据字段执行裁剪。 |
| label_key | 标签数据对应的字段名，用来判断哪些位置是前景（感兴趣区域）、哪些是背景，作为裁剪时选择中心点的依据。 |
| spatial_size | 裁剪patch的空间大小，如[224,224,128]。若某维度指定尺寸大于该维度图像大小，则该维度不会被裁剪，保持原始大小。若某维度为非正值（<=0），则使用标签对应维度大小。示例：输入尺寸为[40,40,40]，spatial_size=[32,64,-1]，输出裁剪尺寸为[32,40,40]。 |
| pos | 与neg一起决定裁剪中心选择为前景（有标签区域）的概率。比例是pos/(pos+neg)。 |
| neg | 与pos一起决定裁剪中心选择为背景的概率。比例是neg/(pos+neg)。 |
| num_samples | 每个样本中裁剪patch的数量，即返回几个裁剪区域。 |
| image_key | 如果指定，负样本中心点选择时会限制在标签为背景且图像值大于image_threshold的位置，确保负样本裁剪在有效图像区域内。 |
| image_threshold | 用于判断图像有效区域的阈值，配合image_key使用。裁剪负样本时只选择大于该阈值的像素点作为中心。 |
| fg_indices_key | 预先计算好的前景索引，替代image_key和image_threshold判断，索引应是一维空间位置数组。常结合FgBgToIndicesd变换使用。 |
| bg_indices_key | 预先计算好的背景索引，同上。 |
| allow_smaller | 如果为False，当图像尺寸小于裁剪尺寸时会抛出异常；为True时，较小维度会不裁剪直接返回原尺寸。 |
示例
import monai
from monai import transformstransform = transforms.RandCropByPosNegLabeld(keys=["image", "label"],label_key="label",spatial_size=[448, 448, 38],pos=5,neg=1,num_samples=2,image_key="image",image_threshold=0
)
aug_datas = transform(add_data)
len(aug_datas) # 2
print_info(aug_datas[0])
visualize(data, aug_datas[0])
RandCropByLabelClasses
RandCropByLabelClassesd 主要用于根据标签图中的类（class）随机裁剪图像，使模型能够更好地学习不同类别的区域，尤其是处理类别不均衡问题时非常有用。根据标签图中的不同类别，随机裁剪图像区域，并确保裁剪区域包含特定的类别像素。这样可以使模型更关注感兴趣区域（如肿瘤、小器官等），而不是大片背景。
使用场景
- 医学图像分割中，小器官或病灶区域容易被忽略，通过这种裁剪方式让模型更关注难学区域
- 类别不平衡严重的数据集，提高训练效果
参数解析
| 参数名 | 类型 | 说明 |
|---|---|---|
| keys | list[str] | 要应用裁剪的键名列表，如 [“image”, “label”]。 |
| label_key | str | 标签的键名，用于查找每个类别的位置索引。 |
| spatial_size | list[int] | 裁剪的空间大小，例如 [96, 96, 96]。支持负数（表示保持原尺寸）。 |
| ratios | list[float] / None | 每个类别用于生成裁剪中心的采样比率（包含背景类）。为 None 时类别等概率采样。 |
| num_classes | int / None | 类别数，用于非 one-hot 标签。如果是 one-hot 编码，则不需要设置。 |
| num_samples | int | 每次返回的裁剪块数量。 |
| image_key | str / None | （可选）用于筛选图像中有效区域的键名，仅采样 image > image_threshold 的区域。 |
| image_threshold | float | （搭配 image_key）阈值，图像中大于该值的区域才会用于采样。 |
| indices_key | str / None | （可选）预先计算好的类别索引键名，可加速采样，常搭配 ClassesToIndices 使用。 |
| allow_smaller | bool | 如果为 True，图像尺寸小于 spatial_size 时也允许执行，小维度保持不变。 |
示例
import monai
from monai import transformstransform = transforms.RandCropByLabelClassesd(keys=["image", "label"],label_key="label",spatial_size=(448, 448, -1),ratios=(0.2, 0, 0.2, 0.2, 0, 0),num_classes=6,num_samples=2
)
aug_datas = transform(add_data)
len(aug_datas) # 2
print_info(aug_datas[0])
visualize(data, aug_datas[0])
ResizeWithPadOrCrop
ResizeWithPadOrCropd 是将图像和标签（如掩码）调整到目标大小，可以通过“裁剪”或“填充”的方式来实现。
使用场景
- 模型输入必须是固定大小的情况
参数解析
| 参数名 | 类型 | 默认值 | 说明 |
|---|---|---|---|
| keys | List[str] | — | 要应用变换的数据键，例如 [“image”, “label”]。 |
| spatial_size | Union[Sequence[int], int] | — | 输出的空间大小（如 (128, 128, 64)）；如果某维为非正数（如 0、-1），则保留原始尺寸。 |
| mode | Union[str, Sequence[str]] | “constant” | 填充模式。NumPy 支持 “constant”, “edge”, “reflect”, 等；Torch 支持 “constant”, “reflect”, “replicate”, “circular” 等。 |
| allow_missing_keys | bool | False | 是否允许某些 key 缺失而不报错。设为 True 可跳过缺失的 key。 |
| method | str (“symmetric” / “end”) | “symmetric” | 填充方法：“symmetric” 为两边均匀填充，“end” 仅在尾部填充。 |
| pad_kwargs | dict | {} | 传递给 np.pad 或 torch.nn.functional.pad 的额外参数，例如 {“constant_values”: 0} 表示常数填充值为 0。 |
示例
import monai
from monai import transformstransform = transforms.ResizeWithPadOrCropd(keys=["image", "label"],spatial_size=[448, 448, 38]
)
aug_data = transform(add_data)
print_info(aug_data)
visualize(data, aug_data)
