化学小工具之OpenBabel
OpenBabel的介绍与使用
🧪 OpenBabel介绍
OpenBabel是一个开源的化学工具和库，主要用于分子数据的转换、处理和可视化。它支持许多分子文件格式，可以将不同的分子数据格式之间进行转换，也可以进行各种化学计算。虚拟筛选离不开分子对接，分子对接离不开分子文件，分子文件的处理离不开OpenBabel，目前OpenBabel的最新版本是3.1.1。
主要功能：
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• 格式转换：支持数百种不同的化学数据格式，包括SMILES、InChI、PDB、Molfile、SDF等。用户可以轻松地在这些格式之间进行转换。
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• 分子结构可视化：可以生成2D和3D的分子结构图。
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• 化学计算：提供分子结构优化、力场计算、分子指纹等功能。
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• 命令行工具：OpenBabel提供了一个命令行工具，可以方便地批量处理分子文件和进行格式转换。
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• 编程接口：OpenBabel提供了Python、C++和其他编程语言的接口，方便开发人员在自己的应用程序中集成OpenBabel功能。
💻 OpenBabel GUI介绍
OpenBabel GUI是OpenBabel项目的图形用户界面（Graphical User Interface，GUI）版本，用户无需深入了解底层的命令行操作或编程知识，仅通过鼠标点击即可简单直观的实现化学分子文件格式的转换。
使用步骤：
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1. 打开OpenBabel GUI软件；
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2. 在界面上选择输入文件的格式和输出文件的格式（图中1、2、3）；
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3. 设置转换参数，加氢或删除氢，是否生成2D或3D坐标等（图中4）；
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4. 设置输出文件的格式和保存路径、文件名（图中5、6）。
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5. 点击"转换"按钮，开始文件格式转换过程（图中7）。
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6. 转换完成后，可以在界面看到转换后文件的内容，也可在指定的保存路径下找到转换后的文件（图中8）。
⌨️ OpenBabel常用命令
常用格式转换命令
将mol2格式的文件转换为pdbqt格式：
obabel -imol2 ligand.mol2 -opdbqt -O ligand.pdbqt将pdb格式的文件转换为mol2格式：
obabel -ipdb ligand.pdb -omol2 ligand.mol2将smiles格式的文件转换为2D的sdf格式：
obabel ligands.smi -O ligands.sdf –gen2d将smiles格式的文件转换为3D的sdf格式：
obabel ligands.smi -O ligands.sdf –gen3d将sdf格式的文件转换为smiles格式，并删除氢：
obabel ligands.sdf -osmi -O ligands.smi -d将sdf格式的文件转换为smiles格式，并添加氢：
obabel ligands.sdf -O ligands.smi -h其它命令
计算分子指纹：
obabel input.mol -ofp -O output.fps查看分子结构：
obabel input.sdf -O output.png使用SMILES字符串创建一个分子并显示其 3D 结构：
obabel "CCO" -O output.pdb过滤分子量大于100的分子：
obabel -ismi smiles.txt -osdf --filter "mw > 100" molecule.sdf使用MMFF94力场进行能量最小化：
obabel input.mol -O output_minimized.mol --minimize --ff MMFF94 --maxsteps 1000📝 小结
OpenBabel是一个非常强大的化学工具，适用于分子模拟、数据分析以及化学信息学任务。如果你需要处理或分析分子数据，OpenBabel是一个值得一试的工具。
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