RSCUcaller

RSCUcaller

可以使用RSCUcaller包分析多个DNA序列的RSCU（相对同义密码子使用频率）值。该包提供了检索RSCU信息、绘制数值图以及计算统计显著性的函数。

“inst/extdata”文件夹中包含表格和FASTA文件形式的示例数据。

安装

从GitHub安装RSCUcaller：

install.packages("devtools")
library(devtools)
devtools::install_github('Mordziarz/RSCUcaller')
library(RSCUcaller)

从Bioconductor安装RSCUcaller（等待Bioconductor审核）：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("RSCUcaller")

安装缺失的CRAN包：

install.packages(setdiff(c("stats", "dplyr", "ggplot2", "ggpubr", "seqinr","rstatix","patchwork", "forcats", "phylogram","circlize", "smplot2", "stringr"), installed.packages()[,"Package"]))

加载CRAN包：

lapply(c("stats", "dplyr", "ggplot2", "ggpubr", "seqinr","rstatix","patchwork", "forcats", "phylogram","circlize", "smplot2", "stringr"), library, character.only = TRUE)

如果未安装BiocManager，则进行安装：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")

安装缺失的Bioconductor包：

BiocManager::install(setdiff(c("ComplexHeatmap"