R利用spaa包计算植物/微生物的生态位宽度和重叠指数

一、生态位宽度        

生态位宽度指数包括shannon生态位指数和levins生态位指数。下面是采用levins方法计算生态位宽度。method也可以选择“shannon”。

二、生态位重叠指数        

生态位重叠指数，包括levins生态位重叠指数、schoener生态位重叠指数、petraitis生态位重叠指数、pianka生态位重叠指数、czech生态位重叠指数和morisita生态位重叠指数。

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下面代码以计算levins指数为例：

数据准备：

输入文件名：otu.txt，第一行为样品的名称，第一列为otu名称（名称具有唯一性），可以理解为物种的名称。

# 加载spaa包（需提前安装：install.packages("spaa")）
# 该包提供生态位分析和群落分析的工具
library(spaa)# 读取OTU表格数据
# file="otu.txt"：指定输入文件名为otu.txt
# sep="\t"：使用制表符作为分隔符
# header=T：保留第一行为列标题
# row.names=1：将第一列设为行名（通常为物种ID）
otu <- read.table(file="otu.txt", sep="\t", header = T, row.names = 1)# 计算生态位宽度（Levins指数）
# method = "levins"：使用Levins公式计算
# 结果数值范围0-1，值越大表示物种的环境适应能力越强
niche.width <- niche.width(otu, method = "levins")# 计算生态位重叠指数（Pianka指数）
# method = "pianka"：使用Pianka公式计算
# 结果数值范围0-1，值越大表示物种间生态位重叠度越高
niche.overlap <- niche.overlap(otu, method = "pianka")# 输出生态位宽度结果到CSV文件
write.csv(niche.width, 'nichewidth.csv')# 输出生态位重叠结果到CSV文件
write.csv(niche.overlap, 'niche.overlap.csv')

代码简化为：

library(spaa)
otu <- read.table(file="otu.txt",sep="\t", header = T,row.names = 1)
niche.width <- niche.width(otu, method = "levins")
niche.overlap <- niche.overlap(otu, method = "pianka")
write.csv(niche.width, 'nichewidth.csv')
write.csv(niche.overlap, 'niche.overlap.csv')

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PS：参考链接

参考1：【R语言生态位计算】 https://www.bilibili.com/video/BV18bNRegEe1/?share_source=copy_web&vd_source=e2338c063cd49188a452094eb0b6f740

参考2：https://mp.weixin.qq.com/s/9NqbGss91v-lFTA-BFQllQ

R语言 | 利用spaa计算植物生态位指数和种间联结