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sgRNA的靶基因基因组如何获得? for 下游的 T7E1验证

愿武艺晴小朋友一定得每天都开心! 


1)在基因组,靶标区域上下游,设计引物(以Zfp532基因为例):

        a. NCBI(Home - Gene - NCBI)Gene 页面上输入:Zfp532。 

      

      

     b. 在新的页面上,滚动至基因组区域,转录本和产物。

         观察到Zfp532有多个长短不一的转录本,其中竖立的绿色方框表示外显子,每个转录本所共有的方框即为同源区。随后点击右上角的“GenBank”按钮

       

       c.在出现的新页面里面,下载序列:

           

      d. 用snapgene打开,并将sgRNA的位置,标注在靶标对应的位置,然后在sgRNA们的两头,设计引物,用于PCR。

            Tips : 邻近的sgRNA,可以共有一对PCR引物,for 下游T7E1的酶切的!

 


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