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在线临床指标分类信息表转甜甜圈矩阵图

导读:在临床研究中,临床指标分类信息表记录了患者的年龄、性别、肿瘤分期等关键信息。为了高效分析这些信息,可采用甜甜圈矩阵可视化方法。甜甜圈图中每个扇区代表该变量的一个类别。这种可视化方式能清晰呈现不同分类变量的分布和关联,便于快速识别数据中的模式和差异。

图中最上面一行是8个临床指标的名字,包括GradeGenderT.StageN.StageM.StageStageAge1Event。最左侧是每个Cluster(亚型)的名字和患者数。主图是38列的甜甜圈矩阵,每行代表一个Cluster(亚型),每列代表一个临床指标。例如C3行,Gender列的甜甜圈图是根据Cluster C3GenderFEMALEMALE的患者数绘制的。甜甜圈最下面是卡方检验的p值以及颜色图例。

1打开作图URL

微生信-在线绘制临床多组分类甜甜圈矩阵图

2,示例数据

点击图片上方的示例数据,下载,并使用excel打开。

示例数据为临床指标分类信息表,包括1+N列:

1列是主分类:一般是通过建模等获得的分类信息,例如癌症亚型等。此列通常不是常规意义的临床指标信息。

2+列是临床指标:性别,年龄,生存状态,癌症分期,分级等信息。不能是连续变量,必需是分类变量。例如不能是risk score的数值,可以是根据risk score值的高低所获得的高风险组和低风险组

3,输入检查

示例数据:点击输入框下面的“示例”按钮,将载入示例数据。

真实数据:数据放在excel中,调整好后,Ctrl+A选中数据,Ctrl+C拷贝,Ctrl+V粘贴数据到输入框中。

然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过,请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤,直到检查通过(如下图所示),然后可以继续选择参数。

注:输入检查按钮会根据不同模块的输入要求,逐行逐列检查输入数据,并给出提示,确保数据符合模块输入要求。

4,选择参数

图片大小:1)图片宽度;2)图片高度。若内容放不下,则会自动扩展。

甜甜圈相关:1)甜甜圈半径,即甜甜圈的大小;2)甜甜圈宽度,即圆形带的宽度,当宽度为1时,甜甜圈会变成pie图;3)甜甜圈起始角度,即从多少度开始绘制,默认从90度开始逆时针绘制

图例相关:1)图例字体大小,即最下面图例的字体大小;2)图例相对位置,即图例距离主图的位置,数值越负,图例越往下;3)图例小矩形大小,即图例中带颜色的小矩形的大小。数值越大,小矩形越大。请配合图例字体大小使用

legend外的其他文字字体大小:控制主图最上面临床指标文字,最左侧分类文字以及卡方检验p值文字的字体大小。若文字太长,请使用acrobat illustrator或者inkscape等编辑器编辑。详细的p值请下载统计信息表格

颜色:设置了27种自定义颜色。颜色顺序按照从第2列开始,每一列中唯一类别名的字母顺序排列。例如unknown在第3列出现过,在第5列又出现,则第5列的unknown的颜色就与前面第3列分配的unknown的颜色一样。即颜色不是按照每列独立分配的,而是整体分配的,即每个分类在所有数据中仅分配一种颜色

字体:设置了期刊杂志中最常用的两种字体:Times New RomanArial。如需使用其他字体,可以下载pdf或者svg图片,然后使用acrobat illustrator或者inkscape进行编辑修改

5,提交出图

检查通过,并且参数选好后,点击“提交”按钮,约3s后,会在页面上显示临床指标分类信息汇总甜甜圈矩阵图。我们提供了pdfsvg两种矢量图,pngtiff两种标量图供大家下载使用。可以使用acrobat illustrator或者inkscape软件编辑矢量图,进行组图,调整文字位置,添加说明等操作,以满足个性化需求。

同时也提供了统计信息表格供下载。

表格中上半部分是每一列中每类的信息,即甜甜圈的数据

下半部分是卡方检验的统计结果,主要包括:总卡方值,p值,自由度(degree of freedom),期望频数(expected)信息。

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