gffread

gffread v0.12.7 使用说明

gffread [-g <基因组序列的FASTA文件> | <目录>] [-s <序列信息.fsize>] [-o <输出文件>] [-t <轨迹名称>] [-r [<链方向>]<染色体>:<起始位置>-<结束位置> [-R]][--jmatch <染色体>:<起始位置>-<结束位置>] [--no-pseudo] [-CTVNJMKQAFPGUBHZWTOLE] [-w <外显子.fa>] [-x <CDS.fa>] [-y <转录本CDS.fa>][-j ][--ids <ID列表.lst> | --nids <ID列表.lst>] [--attrs <属性列表>] [-i <最大内含子长度>][--stream] [--bed | --gtf | --tlf] [--table <属性列表>] [--sort-by <参考序列列表.lst>][<输入的GFF文件>] 

过滤、转换或聚类GFF/GTF/BED记录，提取转录本的序列（外显子或CDS）等。默认情况下（即不使用 -O 选项），仅处理转录本，忽略任何其他非转录本特征。默认输出是一个简化的GFF3文件，仅包含基本属性。

选项

• --ids：如果记录/转录本的ID未列在 <ID列表.lst> 中，则丢弃这些记录/转录本。
• --nids：如果记录/转录本的ID列在 <ID列表.lst> 中，则丢弃这些记录/转录本。
• -i：丢弃内含子长度大于 <最大内含子长度> 的转录本。
• -l：丢弃长度小于 <最小长度> 碱基的转录本。
• -r：仅显示与坐标范围 <起始位置>..<结束位置> 有重叠的转录本（如果提供了 <链方向>，则限定在指定染色体/重叠群的该链上）。
• -R：与 -r 选项配合使用，丢弃未完全包含在指定范围内的所有转录本。
• --jmatch：仅输出与给定剪接位点匹配的转录本。
• -U：