Materials Studio（二）——无机分子建模

 本文学习笔记是参考B站UP主月只蓝的视频内容。

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月只蓝的视频内容较为基础，适合初学者入门。

本文视频内容链接为： 【[月只蓝带你学Materials Studio] 建模篇 第2讲 分子模型绘制专题】

1 分子建模的基本步骤

分子建模的过程分为：建模->设置参数->运行计算->分析结果。

基础模型：原子、分子和粒子，进行移动、旋转和复制、混合（AC盒子）。

晶体晶胞：括曝、团簇、晶面切割、变形。

高分子链（聚合物）：做AC盒子。

次级模型再复杂，也是由简单模型通过一些建模操作来获取的。可以对于次级模型进行拆解。

2  MS中建模的基本源

代表性——抓住研究对象的关键特点，简化而不失真。

可用性——尺寸适中、计算量可以接受，算得动。

3 分子模型绘制方法

（1）对于无机物

1. 单链相连画骨架。
2. 处理双键、三键。
3. 加氢、Clean。
4. 检查核对。

（2）对于有机物

1.  先环后链画骨架。
2. 处理杂原子。
3. 处理双键、三键。
4. 加氢、Clean。
5. 检查核对。

4 使用Materials Studio软件来构建分子

下面开始创建一个名为molecule的Project，右击Project，点击New，点击3D Atomistic Document，这样就新建了一个XSD文件，如下所示：

之后进入设计界面，开始绘制分子模型。

（1）首先绘制的是的分子模型。为了方便后续观察，这里可以将新建的XSD改名为O2，改为氧气的分子式子的形式。

首先找到上方Sketch Atom图标，选择O原子： 

 两个原子的分子直接在图中画出一条直线，这样这个骨架就完成了：

可以看到上面仅仅是一条直线，所表现的分子模型样式并不直观。在左上角的View选项栏中选择Display Style：

然后点击Ball and stick：

球棍模型如下所示：

最后点击Clean即可。

通过观察左下角的Properties中的ChemicalFormula中可以看到所绘制的是。

（2）绘制模型

首先选择点击Sketch Atom，选择C原子，如下所示：

点击鼠标左键，然后点击Esc键盘，在界面中出现十字形符号，即可认定为有C原子。

再次点击Sketch Atom，选择O原子，如下所示：

在原来C原子的基础上向外延伸两个方向，构成 ，如下所示：

点击视图的Display Style选项，选择球棍模型，如下所示：

 球棍模型如下所示：

最后点击Clean即可，建模完成。

（3）绘制模型

首先选择点击Sketch Atom，选择N原子，在界面中点击一下，然后按Esc键：

然后开始加氢，点击Adjust Hydrogen键即可自动完成加氢：

（4）绘制 模型

首先选择点击Sketch Atom，选择N原子，在页面画一道线，如下所示：

由于之间时氮氮三键，因此要对分子添加三键。点击两个氮原子之间的连接键，即可完成三键的构建，如下所示：

另一种添加双键或者三键的方式为点击上面选项栏中Modify选项中的Modify Bond Type，然后再选择Triple Bond即可完成添加三键，如下所示：