EPI2ME分析软件测试

一直以来对牛津纳米孔测序技术比较好奇，想要测试下他官方的分析软件，无奈之前的软件很封闭，只能买机器才能用，这两天发现可以以游客身份安装使用啦，这里测试一下。

EPI2ME 是 Oxford Nanopore Technologies 提供的一套生物信息学工作流程平台，专为其长读长测序数据设计。它基于 Nextflow 框架，支持容器技术和软件包管理器，适用于本地、集群和云端部署，非常适合需要高扩展性的科研环境。

命令行流程测试

后面提到，图形界面折腾失败，只能退而求其次，上命令行啦！之前就有安装过nextflow的conda版本，是个独立的环境，于是更新了下版本，用起来！同样面临到了docker hub的网络问题，找了个镜像网址解决的。一个样本默认是用4个线程进行minimap2比对的。
测试数据用的这个：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/?view=run_browser&acc=SRR30050020&display=metadata
文档在这里：https://epi2me.nanoporetech.com/epi2me-docs/workflows/wf-16s/（和github是同步的，https://github.com/epi2me-labs/wf-16s）

# 好久不用，运行流程报错，升级下
mamba update nextflow
# 拉取流程并运行，会下载两个docker镜像
nextflow run epi2me-labs/wf-16s     --fastq  /mnt/d/epime/data/SRR30050020.fastq.gz --minimap2_by_reference     -profile  standard

二十多分钟后，就愉快地有了报告，还是网页版本，不错的。有个插曲就是硬件配置不足，一次是修改了WSL的硬件配置，拉满到了全部硬件，就是修改了windows用户目录下的.wslconfig文件。另一个就是报硬件不足，本来以为要失败时想了下，应该是数据一百多M过大，于是抽取了前10万条，终于运行成功啦！

结果查看

报告有两个，一个是流程的运行情况，这个用处不太大，一般是用于优化算力上的流程参数的。

另一个就是我们最关心的结果报告啦，官网也给出了示例版本：https://epi2me.nanoporetech.com/workflows/wf-16s/wf-16s-report.html#Section_b90ae906eb624f53a77553eba1782c6c

稍微有点失望的是只注释到了属，有的还不到，可能原因是数据是旧的芯片版本或者nanopore对16S的测序还确实不太如人意呀！多样性指数，可视化还是不错的，圆盘，百分比堆积柱状图，桑基图，稀释曲线，优势物种图都是有的。


还有个kraken2的流程，没有找到详细的运行参数，没做尝试，相信结果也是类似的啦。初步总结，还是基本满足需求的，特别是对于分析基础相对弱的，有现成的软件工具可用，方便很多。

图形界面的尝试

就直接跟着官网的步骤下载安装啦，网址在这：https://epi2me.nanoporetech.com/downloads/，windows, mac, linux三大平台都是有的。官网说，对于外行来说，安装生物信息学软件可能是出了名的困难。 EPI2ME 桌面应用程序旨在允许任何人随时随地分析任何内容。 简化了 Oxford Nanopore Technologies 测序应用的生物信息学工具和资源的安装和使用。
我是windows版本啦，主要是还是相对来讲性价比最高的平台嘛。开始是需要登陆的，但是现在可以以游客方式使用，更方便了。

然后就是配置保存目录啦，防止系统盘过小，一下就整爆了，另外依赖的WSL和docker也是可以选择路径的哦。

配置WSL，必须是官方的版本，还要求最新的，是epime专用的，也不知道密码。。。

下面是详细配置步骤：

相对傻瓜的，毕竟是图形软件，不得不说ONT做得不错。不过这个折腾还是有点时间久的，毕竟要下载一个相当于小系统镜像。

安装完WSL，就是流程的nextflow啦，这个是个应用，更轻松啦就。

完工，开始配置流程，就卡在这了，原因很简单，就是docker hub连接不上，有途径的帅美可以考虑途径解决啦。

推荐内存32G，新测确实，如果文件超过100M，就会报错RAM不足的。

没能解决软件如何配置网络的问题，只能换个思路啦，好在还有命令行的公开，如果网络问题解决，还是很轻松就完成啦！